Вы здесь

Как устанавливить программы из бинарных пакетов?

Как устанавливить программы из бинарных пакетов? Что нужно зделать с "make.conf"?

Вам что нужно? Binhost настроить?
http://gentoo-wiki.com/TIP_Using_PORTAGE_BINHOST