Какую архитектуру выбрать?

alpha - обладателям станций на процессорах DEC Alpha
amd64 - собственно любой x86_64 процессор (Core*, Athlon64*, Phenom*, Opteron и вообще все новые 64-битные процессоры AMD и Intel)
arm - Устройства на процессорах одноименной архитектуры "arm" (кпк, телефоны и т.п.)
ia64 - Intel Itanium* (не путать с Core2)
mips - Старые станции SGI и новые роутеры
ppc - PowerPC (Старые Mac)
ppc64 - Не очень старые Mac или IBM System p (в будующем Cell)
s390 - Счастливые обладатели мейнфраймов IBM S/390
sparc - В основном сановские станции
sparc-fbsd - Тоже только для Gentoo/FreeBSD
x86 - Всеми любимые i386 i486 i586 i686 (32-битные процессоры производства AMD и Intel, в основном)
x86-fbsd - Тоже только для Gentoo/FreeBSD

Добавленно NightNord:
Да, amd64 подходит и для процессоров Intel, просто AMD первой реализовала эту архитектуру, и это название закрепилось исторически. Грамотно она называется x86_64 или, еще грамотнее, ia32_64.