Унификация - есть идея. Нужны комменты.

"Прикиньте какой код и где надо написать чтобы всё это выглядело так как Вы хотите."
- Ну прикинул, а что Вы хотели этим хотите сказать? Да схема в реализации не проста, это и так ясно.
1) скрипт который генерит app-id, заносит его в файл, создаёт каталоги, ставит права на них, устанавливает соответствие в реестр-файле;
2) скрипт который проводит обновление локального репозитария или только вспомогательного реестр-файла;
3) скрипт инициализации операций install/reinstall/delete/update/check/fetch/depence и других для устанавливаемых/установленных пакетов;
4) имплементация в шел, которая будет оверрайдить/релоцировать прямой путь описаловом из реестр-файла и файлов дескрипшинов из директорий программы.
...
N) ...., где N пока не определено.
Но всё это ходя из пункта 4) скрыто, и глаза пользователю не мозолит без надобности, ниже приведу пример.

"рекомендую посмотреть на KDE"
- KDE на мой взгляд несмотря на всю его мощь достаточно противоречивый комплекс, со множеством подходов которые не были правильными изначально. Пример - следования идеалогии кнопки "пуск" и списка программ аля microsoft - первый из не правильных подходов который применили в KDE, точнее неправильность выражается в ограничении ф-ционала управления, постулатами предложеными ms, а ранее nextstep, при этом конешно осталась консоль которая как раз и заменила тот самый скоростной доступ по фильтру. Ещё при первом опыте использования win95, мне стало не понятно - почему нет возможности использовать фильтр для установленных программ, я в каждой версии windows ожидал увидеть нормальный способ доступа к установленным программам, но наиболее правильный подход увидел только в бетке vista'ы. Точно так же я недоумевал почему в KDE, а потом и в Gnome (при том что кол-во программ установленных в типичном linux в разы больше чем в windows), до сих пор нет нормальных гуй средств навигации по установелнному ПО. И только сейчас в KDE 4 наконец появился фильтр, причём после появления оного в windows, только сейчас в Gnome начали осознавать что концепция предлагаемая ms не есть самая верная, начали тотальную конверсию gnome-panel, кажется gimmie зовётся.

"И опять мимо!..."
- Знаю я что в nix на порядок больше пакетов обычно стоит - и тем паче нужна более унифицирующая система, чем та, что существует сейчас.

"На счёт побуждения и НЕПОЛОЖЕНО Вы видимо не поняли ... Для того, чтобы Ваша система принесла ему пользу, Вам надо сделать чтобы ему было удобно. Как это сделать просто в рамках Ваше модели я не вижу, а вижу дополнительные программы и сложности..."
- Вот как раз Вы меня и не поняли, равно как и другие. Я говорю о всём том же самом. Просто я предположил что люди которые пользуют gentoo, являются менее законсервированными в рамках различных идеологий, и потому думал, что сходу сумеют развить идею и оценить плюсы предлагаемой концепции. Но видать я ошибся. Gentoo'шникам так же как и другим людям очень трудно абстрагироваться от привычных вещей (ИМХО). Потому приведу другой пример, который не давно привёл на nclug.ru:
Развивая идею:
Можно определить список всевозможного программного обеспечения, и установить статус локально -[не]установлен в файле-реестра, типа:

bind-9.3.2 {1233-434a-111c-a124} 
wget-1.10.2 {} 
samba-3.0.23a {} 
xorg-7.1 {77b3-4f76-1c01-1a24}

соотвественно, пустые {} (их может и вообще не существовать) указывают на состояние НЕ Установлен.
т.е. набрав
samba<tab> дорисуем -3.0.23a
а строкой ниже увидим samba-3.0.23a {not installed}
жмякним выбираем действия

You have next commands to manipulate with samba-3.0.23a 
ask(a) - ...
depends(d) - list all direct dependencies 
check(c) - ... 
install(i) - ... 
fetch(f) - ... 
pretend(p) - ... 
... 
other commands 
...
wait for command: 

хотим обновить/удалить? Тоже самое жмякаем
samba-3.0.23a<enter>
и нам на выбор варианты
Do you want samba-3.0.23a to reinstall|update|delete|cancel? [r|u|d|c]

Если нам надо без вопросов ставить, то можно например предусмотреть
samba-3.0.23a --help
и среди всего списка команд добавить
--silent(s) или --quiet(q)
да и --help можно задвинуть, все опции по enter'у светить.

т.е. имеем для продвинутого пользователя:
samba<tab>-3.0.23a -qi
для новичка можно и gui нарисовать, причём можно вполне обойтись dialog/Xdialog

Это, на Ваш взгляд, сложнее чем emerge samba ?

Кроме того можно ставить пакет который никогда не был в репозитории, но который подчинен общим правилам, с тем лишь нюансом, что зависмости описаны в самом пакете (что можно и нужно взять за правило для всех пакетов вообще). Это в пику того что не продвинутому пользователю, например всё той же gentoo, совсем не обязательно ждать очередного ebuild'a для его любимой программы которую он обновляет чаще чем ментейнеры репозитария.

"На счёт субд"
- Разве я с этим спорю? Да СУБД расширяет возможности, но при этом ещё усложняет и делает более уязвимой систему к сбоям, поэтому в данном случае можно обойтись без СУБД, и если это "можно" не есть значительно сложнее чем реализация на СУБД, на мой взгляд, нужно обойтись без CУБД.