Сабж. Уже не знаю куда копать. Произвольный промежуток времени - это примерно 4 дня. Всё бы ничего, но вместе со всеми убивается sshd, жуткая пакасть. В логах обычно выглядит это так:
/var/log/syslog:Jul 23 22:43:05 localhost sshd[2304]: Received signal 15; terminating.
Апач вылетает приблизительно так же
[Sat Jul 23 20:24:14 2011] [notice] caught SIGTERM, shutting down
Если оставить висеть залогиненую консоль, можно спокойно рестартануть сервисы и всё будет в порядке до следующего раза.